本博士点源建于1902年著名实业家、教育家张謇先生创办的江海农学堂。上世纪60年代开始招收研究生，1981年获硕士学位授予权，1998年获博士学位授予权，2000年获作物学一级学科博士学位授予权，2003年获准设立作物学博士后流动站。1986、1994、2001年相继被确定为江苏省重点学科，2006年被评为国家级重点学科。其中，农产品质量安全及其控制方向还于2005年被遴选为江苏省重点（交叉）学科。1996年以来，一直为中国作物学会栽培专业委员会挂靠单位。

上世纪80年代以来，本学科在著名作物栽培学家凌启鸿教授等前辈带头人领导下进行了一系列开创性工作，先后创立了作物叶龄模式、作物群体质量、源库调控等栽培理论与技术，发展了中国特色的作物栽培学（以上成果已成为本科统编教材的重要内容，《作物群体质量》专著被教育部确定为全国研究生用书），为我国作物生产发展做出了重大贡献，先后获国家科技进步二等奖4项、三等奖3项。

进入新世纪，本学科在现任带头人张洪程教授带领下，积极开展学术创新、拓展学科领域、深化基础研究、加强应用开发，形成了作物栽培耕作新技术新理论、作物栽培生理、作物环境生态、农产品质量安全及其控制等4个学科方向及具有强劲攻坚能力的创新团队。

本学科形成了以中青年学术带头人为骨干的具有强劲攻坚能力的学科梯队，现拥有江苏省作物栽培生理重点实验室、江苏省作物遗传生理国家重点实验室培育点与农业部长江流域稻作技术创新中心等科研平台，校内外基地配套，教学科研条件处于国内一流水平。2001年至2006年，共承担国家、省部级等各类科研项目179项，累计科研经费5890万元，其中，国家级科研经费占63%；发表学术论文489篇（其中SCI收录42篇，影响因子5以上3篇），出版专著13本；获国家科技进步二等奖1项，省部级科技进步一、二等奖12项；作物精确定量栽培、优质无公害生产与轻简栽培技术等重大成果得到大面积示范推广，增加社会经济效益148亿元。招收博士生70名、硕士生186名，先后获省部级教学成果奖12项、江苏省优秀博士论文3篇、全国优秀博士论文提名奖1项。人才培养质量不断提高。

目前，本学科已成为我国作物栽培耕作学高层次人才培养、科技创新与成果转化的重要基地。