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教师简介

尤琪
尤 琪


尤琪,女,中共党员,1989年生,现为作物遗传育种与应用生物技术系讲师,硕士生导师。中国农业大学生物信息学博士,北京市优秀博士毕业生。主要从事通过高通量组学数据整合分析(即转录组、表观基因组等),构建植物间模块化比较分析体系(共调控网络)。基于多种计算机语言(php、html、python、perl等)搭建可视化分析平台,实现数据上传—分析—展示—再分析的循环策略,为现代农业分子育种提供数据支持。主持中国博士后科学基金、江苏省高等学校自然科学研究面上项目、棉花生物学国家重点实验室开放课题和国家自然科学基金青年项目等。

招生方向:作物遗传育种,农艺与种业

研究方向:作物功能基因组组学数据分析、数据库和分析平台搭建

电话:0514-87977229,邮箱:youqi@yzu.edu.cn

 

研究成果:

至今,以第一作者在国际知名期刊Nucleic Acids ResearchMolecular Plant等上发表多篇学术论文,获得多项软件著作权。

(1) Qinglian Li; Guanqing Liu; Yu Bao; Yuechao Wu; Qi You*. Evaluation and application of tools for the identification of known microRNAs in plants. Appl Plant Sci 2021;9(3): e11414.

(2) Qi You; Zhaohui Zhong; Qiurong Ren; Fakhrul Hassan; Yong Zhang; Tao Zhang*. CRISPRMatch: An Automatic Calculation and Visualization Tool for High-throughput   CRISPR Genome-editing Data Analysis. Int J Biol Sci 2018; 14(8):858-862.

(3) Zhaohui Zhong#; Yingxiao Zhang#; Qi You#; Xu Tang; Qiurong Ren; Shishi Liu; Lijia Yang; Yan Wang; Xiaopei Liu; Binglin Liu; Tao Zhang; Xuelian Zheng; Ysa Le; Yong Zhang*; Yiping Qi*, Plant Genome Editing Using FnCpf1 and LbCpf1 Nucleases at Redefined and Altered PAM Sites, Molecular Plant, 2018; pii: S1674-2052(18)30094-7.

(4) Qi You; Wenying Xu; Kang Zhang; Liwei Zhang; Xin Yi; Dongxia Yao; Chunchao Wang; Xueyan Zhang; Xinhua Zhao; Nicholas J. Provart; Fuguang Li*; Zhen Su*, ccNET: Database of co-expression networks with functional modules for diploid and polyploid Gossypium, Nucleic Acids Research. 2017, 45(9): 5625~5626.

(5) Qi You; Hengyu Yan; Yue Liu; Xin Yi; Kang Zhang; Wenying Xu; Zhen Su*, A systemic identification approach for primary transcription start site of Arabidopsis miRNAs from multidimensional omics data, Functional & Integrative Genomics, 2017, 17(2-3): 353~363.

(6) Qi You; Xin Yi; Kang Zhang; Chunchao Wang; Xuelian Ma; Xueyan Zhang; Wenying Xu; Fuguang Li*; Zhen Su*, Genome-wide comparative analysis of H3K4me3 profiles between diploid and allotetraploid cotton to refine genome annotation, Scientific Reports, 2017, 7: 9098.

(7) Qi You; Liwei Zhang; Xin Yi; Kang Zhang; Dongxia Yao; Xueyan Zhang; Qianhua Wang; Xinhua Zhao; Yi Ling; Wenying Xu*; Fuguang Li*; Zhen Su*, Co-expression network analyses identify functional modules associated with development and stress response in Gossypium arboreum, Scientific Reports, 2016, 6: 38436.

(8) Qi You; Liwei Zhang; Xin Yi; Zhenghai Zhang; Wengying Xu*; Zhen Su*, SIFGD: Setaria italica Functional Genomics Database, Molecular Plant, 2015, 8(6): 967~970.

 

1)苏震, 徐文英, 张振海, 尤琪, 于娟, 顺式作用元件motif显著性分析软件, 2015, 中国, 2015SRBJ008777(软件著作权)

2)苏震, 徐文英, 易欣, 尤琪, 闫恒宇, 佘加杰, 赵楠楠, 基于多维组学数据的植物新转录本预测软件V1.0, 2017, 中国, 2017SRBJ0881(软件著作权)

3)苏震, 尤琪, 徐文英, 刘悦, 田甜, 马雪莲, 共表达网络表达谱动态分析软件V1.0, 2017, 中国, 2017SRBJ068 (软件著作权)

4)苏震, 尤琪, 徐文英, 同源基因共表达网络比较分析软件V1.0, 2017, 中国, 2017SRBJ0778(软件著作权)

5)苏震, 田甜, 徐文英, 刘悦, 闫恒宇, 尤琪, 富集分析P值分布计算软件, 2017, 中国, 2017SRBJ0838(软件著作权)

6)张韬;尤琪;吴越超;李青莲, 原生质体基因编辑系统快速鉴定软件, 2019, 中国, 2019SR0026724 (软件著作权)

7)尤琪;吴文文;李青莲, 扬大植物基因编辑效果可视化鉴定软件, 2020, 中国, 2020SR1220838(软件著作权)


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