1、科研组织模式

　　在扬州大学科技处等职能部门领导下，实验室实行主任负责制，由实验室主任全面负责实验室的建设与管理工作。实验室按学术方向和研究功能设立4个研究方向。遴选了研究方向负责人，具体负责各研究方向的研究工作。日常管理由2位专职人员负责。同时，实验室成立由国内植物功能基因组学研究领域的知名专家学者组成的学术委员会，每年召开一次学术委员会会议。

2、人员聘用与流动

　　实验室采取聘任与考核相结合的原则，实行岗位职责和目标管理激励机制，人员合理流动。制定实验室主任岗位职责、实验室工作人员岗位职责、实验室流动人员岗位职责等管理条例。采取年度考核与聘期考核相结合的原则，年度考核作为岗位奖励的依据，聘期考核作为岗位聘任的依据。根据不同的岗位和职责采取不同的考核办法。管理岗位采取岗位职责考核制，研究岗位采取岗位目标及岗位职责考核制。

3、财务管理

　　实验室依托单位扬州大学将为实验室单独设帐，独立核算，使用项目经费严格依据《江苏省创新能力建设专项资金管理办法（暂行）》以及扬州大学相关管理办法，制定相关的财务管理制度，保证专款专用。 

4、科研仪器设备的管理与使用

　　实验室配备的仪器设备要实行优化配置的原则，并根据实验室的实际情况，制定合理的科研仪器设备的管理与使用制度，充分发挥仪器设备的使用效益。制订大型仪器设备和技术平台开放共享的有关制度，将新增大型仪器纳入江苏省大型科学仪器设备共享平台，提高大型仪器设备使用效率，促进我省作物基因组学和分子育种研究整体水平的提高。同时，定期检查，考核共享平台的使用频率、共享效率，及时调查共享服务办法，使其发挥效率最大化。

5、知识产权管理

　　依托单位建有一整套有关科研成果转移转化的管理办法，如《扬州大学专利管理办法》、《扬州大学保护知识产权管理办法》等。本实验室相关成果都按照相关措施和办法进行。实验室成员发表文章需标注江苏省作物基因组学和分子育种重点实验室（Jiangsu Key Laboratory of Crop Genomics and Molecular Breeding, Yangzhou University, Yangzhou 225009, China）。